这是个怪兽已成为日常威胁的日本。曾立志加入「日本防卫队」讨伐怪兽的日比野卡夫卡，放弃了这个梦想在专营怪兽清洁公司里工作。在对无法与儿时玩伴、现在活跃于防卫队的第3部队队长．亚白米娜完成一同消灭怪兽诺言的自己感到失望的日子里，他遇见了立志加入防卫队的后辈．市川雷诺。

被小型怪兽所寄生而变身成怪兽的卡夫卡，害怕被防卫队扑杀，于是跟雷诺一同自医院逃出。就在这时，他们发现有对被怪兽袭击的母子。不顾自身安危的卡夫卡，鼓起浑身之力挥出全力的一拳。

身为「怪兽8号」被防卫队所追捕的卡夫卡，在雷诺的帮助下隐藏身分，参加防卫队员选拔的第二次测验。卡夫卡对来到会场的臭屁女孩、四之宫琪歌露夸下海口，却在体能检定里惨遭滑铁卢。卡夫卡打起精神决定要在接下来的最终评选里扳回一城，但其测验内容居然是＂讨伐怪兽＂！

测验一开始就被发现实力不如人的卡夫卡在雷诺的帮助下再次站了起来，但在琪歌露的活跃下，转眼间最终评选就已结束。所有考生都被琪歌露的惊人实力所辗压。就在这时，考场里出现了神秘怪兽。这个意外状况，让现场陷入一片混乱。

在防卫队入队仪式上没看见卡夫卡的身影，琪歌露露出了失落的神情。就在这时迟到的卡夫卡出现了。虽然没能通过测验，但他在第3部队副队长．保科的推荐下成为了防卫队的候补队员。伴伙们因卡夫卡的加入而元气大增。但保科心里却有着其他想法。

相模原出现怪兽！新进队员的初次任务，是在大部队后方讨伐余兽。被点名「若在三个月内没有表现的话就要被开除」的卡夫卡充满干劲，难掩对这份梦幻工作的兴奋之情，雷诺被这样的卡夫卡所打动也士气大振。怪兽讨伐作战开始了！

突然出现的神秘人型怪兽毫不留情地对雷诺与伊春展开攻势。为了保护受到致命伤害的伊春，雷诺勇敢地与其对峙。因得到琪歌露在选拔测验时与之交战后的资讯，让雷诺得以勉强和它周旋，但战况还是逐渐落于下风。

卡夫卡为了拯救雷诺他们，变身成怪兽8号。但就在击退人型怪兽之后，怪兽8号随即遇上了保科！卡夫卡苦于抵挡保科的猛攻，却也害怕他的反击会伤到对方，使得他打得极为保守。卡夫卡在千钧一发之际成功逃走，但保科却在这场战斗里感到了一股异样感。

防卫队依然在搜查能化身人类、潜伏于社会的「怪兽9号」，然而这时怪兽们却突袭了米娜不在的立川基地！统领着从不集体行动的翼龙系怪兽的，是会说人类语言、拥有智力的新＂大怪兽＂。而那只怪兽像是在享受战斗般，盯上了现场最强队员、保科。

新进队员不断发挥训练成果逐渐击退来袭的翼龙系怪兽，另一方面，巨大化后的「怪兽10号」攻势愈发猛烈！虽然保科不断应对敌人动作并确实给予伤害，但终究是来到了极限。这时保科心里浮现的，是米娜认同自己的剑技，将自己的背后托付给保科的话语。

卡夫卡终于因为暴露其怪兽8号的身分而遭到逮捕，在日本防卫队长官．四之宫功的命令下被移送至总部基地。卡夫卡加入防卫队的梦想破灭，内心也因背叛伙伴而自责不己。在肃杀的押送过程中，与卡夫卡独处的米娜慢慢打破沉默。

第3部队的伙伴不断想方设法要帮助卡夫卡。另一方面，在有明临海基地内，怪兽8号与功的死斗仍在继续。能自在地发挥大怪兽之力的功，用其不愧被称为防卫队史上最强战力的实力发动攻击，但怪兽8号失去了卡夫卡的控制，在不顾自身肉体伤害的反击攻势下，那无情地攻击慢慢将功逼入绝境。